Im Jahr 1996 nahm die Koordinationsstelle für Fledermausschutz in Thüringen ihre Arbeit auf. Sie fungierte in unterschiedlicher Trägerschaft über viele Jahre hinweg als zentrale Ansprechpartnerin in allen Fragen rund um Fledermäuse und ihren Schutz in Thüringen.

Unter der Leitung von Hartmut Geiger hatte sie zunächst ihren Sitz in der Staatlichen Vogelschutzwarte Seebach bei Mühlhausen, wechselte aber dann in das Staatliche Umweltamt Erfurt.

Seit März 2013 ist Hartmut Geiger als Referent im Referat Artenschutz (Ref. 31) in der Staatlichen Vogelschutzwarte Seebach tätig. Bei ihr ist die Koordinationsstelle für Fledermausschutz in Thüringen angesiedelt und ist Teil des heutigen Thüringer Landesamtes für Umwelt, Bergbau und Naturschutz (TLUBN).

Die Interessengemeinschaft Fledermausschutz und -forschung in Thüringen (IFT e.V.) ist ein gemeinnütziger eingetragener Verein, der sich thüringenweit und auf lokaler Ebene für den Schutz der Fledermäuse einsetzt.

Der Verein hat derzeit etwa 130 Mitglieder und wird von einem gewählten Vorstand vertreten. Zum derzeitigen Vorstand gehören:
Martin Biedermann (Vorsitzender), Andreas Mehm (Stellvertreter), Anita Giermann (Schriftführerin), Christoph Treß (Schatzmeister), Martin Hellmann, Martina Palmer & Lutz Bachmann.

Über ihr ehrenamtliches Engagement bei der Betreuung und der Kontrolle der Fledermausquartiere in ganz Thüringen hinaus fungieren viele IFT-Mitglieder in fast allen Thüringer Landkreisen als Ansprechpartner für Privatleute, Behörden und wirtschaftliche Institutionen bei allen Fragen rund um Fledermäuse und deren Schutz. Ebenso unterstützt die IFT Vorhaben wie beispielsweise die fledermausfreundliche Wiederherrichtung von Kirchendachböden oder die Sicherung aufgelassener Bergwerke.

Im Rahmen der Vereinsmitgliedschaft werden jährlich Weiterbildungen für die Mitglieder zu ausgewählten Themen angeboten.
Zudem findet jedes Jahr die Mitgliederversammlung statt, zu der alle zwei Jahre die Vorstandswahl durchgeführt wird.

2009 gründete die IFT die Stiftung FLEDERMAUS um ein handlungsfähiges Organ zur Projektentwicklung und -durchführung ins Leben zu rufen.