Die Mopsfledermaus gehört in Thüringen zu den seltenen Arten. Die Verbreitungsschwerpunkte liegen südlich des Thüringer Waldes, im Schwarza-Sormitz-Gebiet bis in das Saaletal, im Einzugsgebiet der Weißen Elster, dem Altenburger Lößgebiet sowie im Bereich des Südharzes, des Kyffhäusers und der Hainleite.

Die ortstreue Mopsfledermaus bezieht ihre Sommerquartiere überwiegend in Spalten an Bäumen. Sie hat sehr spezielle Anforderungen an ihre Quartiere und besiedelt fast ausschließlich die Hohlräume hinter der schuppenförmig abstehenden Borke/Rinde von absterbenden und toten Bäumen. Aber auch in Siedlungsräumen können Tiere, Spalten hinter Fensterläde an Fassaden oder in speziellen Fledermauskästen beziehen.

Die Mopsfledermaus ist eine ausgesprochene Nahrungsspezialistin. Sie frisst vor allem Kleinschmetterlinge, wie zum Beispiel Zünsler, überwiegend im Wald und im strukturreichen Offenland. Der Flug der Mopsfledermaus ist schnell, wendig und führt oft dicht an der Vegetation entlang. Ihre Jagdgebiete liegen in nur geringer Distanz zu den Sommerquartieren im Wald entfernt, manchmal auch in weiterer Entfernung (< 20km).

Ebenso wie die Jagdgebiete liegen auch die Winterquartiere in kurzer Distanz zu den Sommerquartieren. In Thüringen gibt es etliche Nachweise von Mopsfledermäusen in Winterquartieren. Sie fliegen erst bei winterlichen Witterungen (stärkerem Frost) ein und verlassen die Quartiere in wärmeren Phasen wieder. In unterirdischen Quartieren hängen die Tiere meist in Spalten oft an sehr trockenen, verhältnismäßig kalten Orten, z. T. nahe dem Eingang.

In den 1950er bis 1960er Jahren gab es starke Bestandseinbrüche. Erst seit den 1980er Jahren haben sich die Bestände wieder erholt. Neue Erkenntnisse zeigen eine Wiederbesiedelung einst verlassener Gebiete und eine Zunahme der Bestände in den letzten Jahren. Die extreme Trockenheit in den letzten Jahren setzt dem Wald aktuell stark zu (Absterbeprozesse, Kalamitäten). Vermutlich verschafft das der Art kurzfristig günstige Quartierbedingungen.