Der Kleinabendsegler galt bis 1990 nicht nur in Thüringen, sondern in ganz Mittel- und Westeuropa, als sehr selten. Seit Anfang der 1990er stiegen die Beobachtungen sprunghaft an. Er gilt zwar immer noch als selten, die über 300 Fundorte an denen Kleinabendsegler beobachtet werden konnten, erstrecken sich jedoch über die gesamte Fläche Thüringens.

Als typische Waldfledermaus besiedelt der Kleinabendsegler vor allem natürliche Strukturen, wie Spechthöhlen, Fäulnishöhlen, Zwieselspalten, etc. aber auch in Fledermauskästen ist er anzutreffen. Seltener findet man ihn an Gebäuden in dort befindlichen Spaltenquartieren.

Der Kleinabendsegler bevorzugt vor allem Nachtfalter und andere fliegende Insekten als Beute. Mit seinem leichten und wendigen Flugverhalten kann er sich geschickt durch die Luft bewegen, um seine Beute zu verfolgen und zu fangen. Dabei erreicht er Geschwindigkeiten von bis zu 50 km/h. Er jagt hauptsächlich im Wald, jedoch ohne Präferenz eines bestimmten Typs, aber auch im Offenland und Siedlungsbereichen.

Spätestens im November scheinen die Kleinabendsegler zum Überwintern in wärmere Gefilde abzuwandern. Eine Überwinterung in Thüringen zählt nicht zum normalen Verhalten des Kleinabendsegler wird jedoch aufgrund der Klimaveränderungen immer wahrscheinlicher.

Die Beobachtungen des Kleinabendseglers stiegen seit den 1990er Jahren stark an. Thüringen ist ein wichtiges Transferland für die saisonalen Wanderungen des Kleinabendseglers, jedoch wird diese Art insgesamt als „selten“ eingestuft.