In Thüringen gilt der Abendsegler während der Zugzeiten als mäßig häufig, im Sommer und Winter ist er seltener anzutreffen. Nachweise gibt es ganzjährig in ganz Thüringen, lediglich die Höhenlagen über 500 m NN werden gemieden. Thüringen hat eine sehr hohe Bedeutung als Transferland, sind doch zwei Drittel aller Nachweise aus den Zugmonaten.

Nachdem alle ziehenden Tiere ihren Sommerlebensraum erreicht haben, bleiben mehrheitlich Männchen in Thüringen. In gewissen Waldgebieten gibt es Nachweise, dass die Weibchen vollständig abwandern. Als Sommerquartiere werden Baumhöhlen und verlassene Spechthöhlen aufgesucht und regelmäßig gewechselt. Fledermauskästen werden ebenfalls gerne als Sommerquartier genutzt.

Die Abendsegler sind in unterschiedlichsten Habitaten anzutreffen. Sie werden in Auwäldern, Buchen- und mediterranen Eichenwäldern, aber auch in Städten mit einer hohen Baumdichte und genügend Insekten nachgewiesen. Besonders gerne werden Gewässer und Auwälder zur Jagd aufgesucht. Der Abendsegler scheint keine definierten Jagdgebiete auszuwählen, stattdessen fliegen sie opportunistisch geeignete Strukturen ab.

Abendsegler verbringen, im Gegensatz zu den meisten heimischen Arten, den Winter in gut gedämmten oberirdischen Quartieren. So werden dickwandige Baumhöhlen, Gebäude- und Felsspalten und Dehnungsfugen von Brücken aufgesucht. Große Gruppen ermöglichen soziale Wärmeregulierung. In Thüringen sind nur wenig, mehr als 13 Winterquartiere der Art mit mehr als fünf Tieren bekannt, die Entdeckung erfolgt meist zufällig, leider oft erst bei der Zerstörung des Quartiers. Immer häufiger werden überwinternde Abendsegler in Parkbäumen entdeckt (z. B. in Weimar, Jena und Erfurt).

Da die Tiere auch weite Strecken ziehen, schwankt die Populationsgröße saisonal. Das weist auf die hohe Bedeutung Thüringens auch als Transferland hin. Im Zeitraum der letzten zehn Jahre haben die Bestände der Art einen Rückgang erlebt. Die Datenbank weist im letzten Dezennium lediglich eine Wochenstube der Art in Ostthüringen auf. Die vorliegenden Daten erlauben aktuell nur noch eine Einstufung dieser Art als „selten“.