Die Fransenfledermaus ist in ganz Thüringen verbreitet und mäßig häufig. Winterquartiere fehlen im Thüringer Becken und im Osterland.

Die Fransenfledermaus bezieht ihre Sommerquartiere in Mitteleuropa überwiegend in Baumhöhlen und Fledermauskästen. An Gebäuden nutzt sie häufiger die Kammern unverputzter Hohlblocksteine und kommt eher seltener in inneren Räumen vor.

Die meist ortstreue Fransenfledermaus fliegt sehr wendig und oft dicht an der Vegetation, wobei sie sehr langsam fliegen und auch rütteln kann. Sie jagt vor allem Spinnen, Weberknechte und Schnaken überwiegend in allen Waldtypen, auch in Parkanlagen, an Gewässern und in Streuobstwiesen, seltener im Offenland In Stallungen frisst sie auch gerne Fliegen. Sie kann im Flug jagen, aber kann auch ihre Beute von der Vegetation bzw. vom Substrat ablesen.

Die Distanz zwischen den Sommer- und Winterquartieren beträgt meist unter 40 km. Zum Überwintern nutzt die Fransenfledermaus natürliche Habitate wie Felsspalten, Höhlen und Bodengeröll, aber auch Felsenkeller, Bahndammdurchlässe und andere unterirdische Gänge. In diesen Quartieren ist sie oftmals in den ersten Frostnächten des Herbstes im Winterschlaf anzutreffen.

Nach einer starken Bestandszunahme in den 1990ern ist eine moderate Abnahme der Zahlen festzustellen. In den 2000er Jahren fanden sich in den über 90 bekannten Wochenstuben Thüringens meist jeweils zwischen 10 und 40 Individuen. Gebäudesanierungen minimieren die Quartiersmöglichkeiten der Tiere, die regional häufig neue Orte beziehen. In Thüringen gab es zudem acht Totfunde an Straßen, die vermutlich mit dem Jagen der Tiere an Straßenlaternen zusammenhängen. Der Verlust von extensiv genutztem Grünland und Streuobstwiesen minimiert ihr Nahrungsangebot.