In Deutschland kommt die Wimperfledermaus nur in wärmeren Bereichen wie dem Rheintal und dem Rosenheimer Becken vor. Wahrscheinlich breitet sich die Art mit der klimatischen Erwärmung weiter aus.

Im Sommer zählen Gebäude, meist helle und kühle Dachstühle von Kirchen, Privathäusern und Viehställen zu ihren Quartieren. Im Süden besiedeln sie vorwiegend Höhlen, manchmal auch kleine Felsnischen. Wochenstubenquartiere beherbergen zwischen 20 - 500 Weibchen und werden Jahrzente lang aufgesucht.

In Wäldern, an Waldrändern und Obstwiesen jagen sie nahe an der Vegetation als auch im Kronenbereich, wo sie Insekten von den Blättern absammeln. In Tierställen lesen sie auch Fliegen von der Decke ab, weshalb in ihrem Kot vorwiegend tagaktive Fliegen nachgewiesen werden. Ihr Jagdgebiet kann aber 50 - 70 ha groß sein.

Wimperfledermäuse überwintern bei Temperaturen von 6 - 12 Grad in unterirdischen Quartieren. Der Winterschlaf dauert sehr lange. Manche Tiere bleiben bis Mai in ihrem Winterquartier. Sommer- und Winterquartiere sind meist nicht mehr als 40 km voneinander entfernt.

Im Norden des Verbreitungsgebietes gingen die Bestände seit den 1950ern zurück. Ursache kann der Jagdhabitatsverlust und möglicherweise der Einsatz von Pestiziden sein. In Polen minimierten sich die Populationen um 90%. In Deutschland ist die Lage stabil, doch die zunehmende Zerschneidung der Lebensräume wird problematisch eingestuft.