Die meisten Nachweise dieser Art gelingen durch Funde in Fledermauskästen von August bis Oktober. Zahlreiche Beobachtungen durch Detektoren und die Verfolgung der Tiere durch Beringung zeigen starke saisonale Wanderungen. Thüringen dürfte für die Rauhhautfledermaus ein klassisches Durchzugsgebiet sein, da kaum Winterquartiere gefunden wurden.

Sommerquartiere werden überwiegend im Wald und nahe an Fließgewässern gefunden. Die Nachweise gelingen zu 86% in Fledermauskästen. Bisher konnten sehr wenige Wochenstubennachweise der Art in Thüringen entdeckt werden. In der Hohen Schrecke bietet der große Laubwald in Verbindung mit Feuchtgebieten vermutlich günstige Bedingungen zur Reproduktion.

Die Rauhhautfledermaus jagt entlang gradliniger Strukturen wie Waldwegen, Schneisen und Waldrändern. In ihrem schnellem Flug erbeutet sie aber auch Insekten an Gewässern und Straßenlaternen. Ihr Jagdgebiet kann über 20 km² groß sein.

Als saisonaler Weitstrecken-Wanderer legt die Rauhhautfledermaus beeindruckende Strecken zurück. Durch eine europaweite Beringung von mehreren 1000 Tieren konnte der weiteste Überflug von mehr als 2000 km nachgewiesen werden. Die Fledermäuse nutzen vor allem Holzstrukturen wie Baumhöhlen und Holzstapel als Quartier. Können aber auch in Spalten von Gebäuden und Felsen überwintern.

In Thüringen wurden meist einzelne Tiere gefunden, woraus sich keine Bestandsgröße ableiten lässt. Die Indizes der relativen Rasterfrequenzen der Sommerfunde als auch der Winterfunde sind aufgrund der geringen Beobachtungszahlen wenig aussagekräftig. Bedroht sind die Tiere allerdings durch ihren Habitatverlust, Insektenvernichtungsmitteln und während ihres Zuges durch Windkrafträder und Straßenverkehr.